利用addgene查找质粒图谱

发布时间：

利用addgene查找质粒载体图谱
生物工程
杨翔
2012718026 摘要：
现如今的生物实验研究中，细菌质粒是重组DNA 技术中常用的载体。在天然质粒的基础上，为了适应实验室操作而进行人工构建质粒载体。与天然质粒相比，质粒载体通常带有一个或一个以上的选择性标记基因（如抗生素抗性基因）和一个人工合成的含有多个限制性内切酶识别位点的多克隆位点（MCS）序列，并去掉了大部分非必需序列，使分子量尽可能减少，以便于基因工程操作。
做分子实验，经常和不同的质粒打交道，了解各种质粒的图谱信息是必需的，然而如何准确迅速的查找到所需要的质粒图谱，是实验研究的基础工作，这里简单介绍一下应用addgene网站查找质粒图谱的方法。

关键词：质粒图谱，addgene
一． Addgene简介
Addgenen是一个全球科学家质粒共享非盈利组织。它作为一个公益性组织，负责保存和提供质粒。 科学家发表文章如果涉及到质粒，会发一份到Addgene保存，其他科学家如果需要这个质粒，也可以向Addgene索取

二．网站首页界面
http://www.addgene.org/点击此网址，进入addgene首页，可以看到如下界面。

菜单栏包括了：Home（首页），Deposit Plasmids（储存质粒），Find Plasmids（查找质粒），How to Order（如何构建），Plasmid Reference（质粒引用）以及最后一个About Addgene（关于Addgene）

三．查找方法
1.我们以常见的pRS质粒为列，点击菜单栏的Plasmid Reference，进入以下界面。



2.再点击下图中的Vector Batabase，进入载体数据库。

点击后会出现以下界面

3.之后，我们可以根据界面中给出的四种搜素方法查找所需的质粒载体，包括： Plasmid Type（质粒类型） Source（质粒的来源）
Bacterial Resistance（细菌抗药性） Selectable Marker（选择标记）

我们也可以直接在搜索框中输入所需查找的质粒，如以pRS为列。点击搜索后，可以看到结果界面，如下。


4.我们可以看到搜索结果中显示了，数据库中的所有pRS质粒的信息。 菜单栏中分别注明了， Name（质粒名称）
Vector Type（质粒类型）
Resistance Marker（抗药性标记） Bacterial Resistance(细菌抗药性 Source（来源）
Sequence（质粒的序列）。 如下图。


5.以以下三种pRS为列，可以发现这三种pRS质粒的类型分别为未注明载体类别，酵母质粒和细菌质粒。pRS428和pRSET-B质粒的抗药性为氨苄。这三种质粒的来源分别为：ATCC（美国型培养菌种集American Type Culture Collection），Addgene公司以及美国Invitrogen生物公司。


6.而最右侧的Reference中，表示此质粒没有序列，表示可以查看详细序列。

7.我们以质粒pRS413举例，点击进入，出现以下界面。


显示的界面中包括了此种质粒的很多信息。包括了常用的，
Vector type other（载体类型）: Yeast centromere vector Bacterial resistance(s（细菌抗药性）： Ampicillin Growth strain(s（生长菌株） ：DH5alpha Growth temperature (℃（培养温度）: 37
High or low copy（高拷贝还是低拷贝）: High Copy
8.再往下拉，可以看到此质粒的详细图谱，如下。可以得知此质粒全场4969bp，氨苄抗性的位置，启动子位置，以及MCS中各种酶切位点的位置等等。

9.继续拉到页面底部，可以看到图谱中具体的基因位于此质粒中的何处位点，如下，如Ampicillin

抗性基因位于从第4256个碱基到第3396个碱基。同时也有所有酶切位点的位置。


10.同时，我们也可以点击蓝色标注的here，进入查看质粒的完整序列。

点击后，进入以下界面。

在序列框中，我们就可以复制质粒的全部碱基序列，进行后续分析。

11.点击右侧的Analyze Sequence。我们可以对此质粒进行更深入的查看。



12.点击进入后会显示以下界面。


13.在质粒图谱中点击各个基因，会在序列框中以棕色背景显示基因所在的序列位置，如下，以其中的AmpR-promoter为例，点击后会出现以下结果。


14.点击菜单栏中的BLAST，我们就可以进入NCBI进行同源序列相似性分析。



15.这里包括了BLASTN（用来查找相匹配的核酸序列），和BLASTX（用来查找相匹配的蛋白质序列）。
点击BLASTN后就可以进入NCBI。如下。


16.我们在Job Title中输入此次工作名pRS413，
然后点击页面最下面的。进行相似序列的分析。

四．总结
那么通过以上的一系列查找方法，利用Addgene网站查找到了我们所需要的质粒载体的大部分信息。根据这些信息，便可以针对性的进行质粒构建，引物设计等后续工作。

利用addgene查找质粒图谱

推荐内容

相关推荐