新版blast2.2.24+本地化及本地数据库构建
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Windows平台下新版blast（2.2.24+本地化构建+数据库下载+序列间的相似性检索
从blast-2.2.23-ia32-win32这个版本开始，本地化blast的参数有了很大改变，NCBI新近对blast程序做了一些修改推出了blast+，目前最新版本为ncbi-blast-2.2.24+-ia32-win32。与之前的blast相比，新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来，对各个命令的参数定制更加方便而网上相关的一些教程大同小异，一部分操作已经不适用了，遂整理如下，仅供参考，不当之处，敬请指正。
blast+的本地化构建
1.1程序下载链接到：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST
下载最新的BLAST+程序包，推荐版本ncbi-blast-2.2.24+-ia32-win32.tar.gz（绿色版windows32位系统）,其他版本：ncbi-blast-2.2.24+-win32.exe适用于windows32位系统，ncbi-blast-2.2.24+-win64.exe适用Windows64位系统，请注意选择。
1.2安装流程
建议安装在非系统盘，如将下载的BLAST程序安装到E:\blast，生成bin、doc两个子目录，其中bin是程序目录，doc是文档目录，这样就安装完毕了。
1.3用户环境变量设置
右键点击“我的电脑”－“属性”，然后选择“高级系统设置”标签－“环境变量”(图1，在用户变量下方“Path”随安装过程已自动添加其变量值，即“E:\Blast\bin”。此时点击“新建”－变量名“BLASTDB”，变量值为“E:\Blast\db”(即数据库路径，图2。
1.4查看程序版本信息
点击Windows的“开始”菜单，输入“cmd”（XP系统在运行中输入cmd）（图3）调出MS-DOS命令行，转到Blast安装目录，输入命令“blastn-version”即可查看版本（图4）：
看到图4显示说明本地blast已经安装成功。
2．blast+本地数据库的构建2.1数据的获取法1：直接从NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式必须是fasta，名字可以自己随便命名，具体做法下面有说明）。
法2：从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库，其链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/其中nr.gz为非冗余的数据库，nt.gz为核酸数据库，month.nt.gz为最近一个月的核酸序列数据。下载的month.nt.gz先用winrar解压缩，然后用makeblastdb.exe格式化。 